Природњачки музеј је основан 19. децембра 1895. године. Спада у ред најстаријих институција културе и науке у Србији (једна од 5 првих основаних у Србији) и прва је специјализована установа чије су три основне и неодвојиве делатности научно проучавање, заштита и презентација националне природне баштине. Никада није био само огледало природе, већ кључно место где се стичу научна знања о природи и о томе како је разумети и сачувати.
Током протеклих 125 година постојања Природњачки музеј је пребродио бурне историјске догађаје, материјалну немаштину и тешка времена. Зграде у којима је био смештен споља нису откривале какво вредно благо се чува унутра. Пропала фасада, напукли зидови и оронули прозори били су одраз привремених решења и ишчекивања неких бољих околности. Све то време изнутра су вредан рад и посвећеност кустоса чували и обогаћивали збирке, истраживана је природа Србије али и Балкана и целог света. Збирке и предмети су долазили из земље и са различитих континената и смештани у депое. Стицана су и размењивана научна сазнања и открића, писани су радови и монографске студије. У биолошким и геолошким збиркама данас се налази око 2 милиона вредних примерака и пуно уникатнх холотипова – еталона по којима су по први пут описане новооткривене врсте. Збирке садрже предмете у распону од 4,5 милијарди година старости, од метеорита из времена настанка Сунчевог система, стотине милиона година старе фосиле, преко историјских примерака Панчићеве оморике, српске рамонде и других, па до недавно откривених нових врста минерала, фосила, гљива, биљака и животиња. Једини је музеј ове врсте у Србији са највећом и најважнијом природњачком колекцијом у земљи. Само део овог блага је доступан публици због вековног нерешеног питања одговарајуће зграде у којој би Музеј био трајно смештен, што је проблем једнако стар као и сам Музеј.
Тежња кустоса Природњачког музеја је увек била да прикажу драгоцености које проучавају и о којима се брину, да их несебично поделе са публиком још од 1904. године и прве изложбе. Гостовало се са изложбама у разним установама или изнајмљеним просторима, а покушано је излагање у собама и подруму ненаменских, привремених зграда на Врачару које Музеј користи од 1938. године. Тек 1995. године, тачно век након оснивања, Природњачки музеј отвара мајушну галерију у некадашњој турској стражарској караули на Калемегдану. Од тада се тамо често смењују мале тематске изложбе, где публика може да види делић националне природњачке баштине.